Procesory z rodziny AVR nie różnią się od siebie aż tak bardzo żeby do każdego kupować książkę. Np. największe różnice pomiędzy atmegą8 i atmegą16 to to że 16 ma jeden port więcej i dwa razy więcej pamięci. po prostu kup sobie atmegę16, znajdź datasheeta, poczytaj i próbuj pisać, to wcale takie trud...

Timer działa niezależnie, to coś jak praca w tle, wiec 'wait' na pewno nie zmieni pracy timera.

Możesz tak skonfigurować timer żeby wykonywał przerwanie np. co ok sekundę i w przerwaniu na przemian najpierw wykonywać jedną część obsługi DS'a i drugą. Program główny będzie przerywany tylko na te chwile wykonania instrukcji.

Zegar gubi Ci czas ponieważ na wykonanie instrukcji pomiędzy samym zliczaniem też jest potrzebny jakiś czas, poza tym jeśli procka masz odpalonego na wewnętrznym zegarze to dokładność odliczania jest dość mizerna.